Iklim moderat di Indonesia sepanjang tahun, tanah yang subur dibawa oleh lava, dan mineral yang ditemukan di darat dan di laut disebabkan oleh letusan gunung berapi, telah membuat habitat ideal untuk sejumlah besar flora dan fauna yang unik dan endemik. Indonesia merupakan salah satu varietas yang paling beragam spesies kehidupan binatang di darat dan di laut yang tidak dapat ditemukan di bagian belahan dunia manapun.

Flora dan fauna di Indonesia dibagi oleh "Wallace Line"/garis Wallace yang membentang antara Bali dan Lombok, dari utara antara Kalimantan dan Sulawesi. dari barat, vegetasi dan satwa liar di wilayah Asia, sedangkan dari timur. Vegetasi yang ditemukan di berbagai belahan nusantara bervariasi sesuai dengan curah hujan, tanah dan ketinggian. Di pulau-pulau basah, di Sumatera, Kalimantan, dan Papua, hutan hujan kuno mencakup area yang luas. Hutan-hutan ini kaya akan kayu yang memiliki nilai tinggi, kayu manis dan rempah-rempah, serta pohon buah-buahan eksotis. Akhir-akhir ini banyak terjadi ilegal logging, sebagian besar hutan telah hancur tanah subur sudah tidak bersisa yang menyebabkan banjir dan erosi. Di pulau-pulau sebelah timur Bali yang dikenal sebagai pulau Nusa Tenggara (atau dulu dikenal sebagai Small Islands Sunda), ada savana, sedangkan di puncak gunung lainnya seperti di Gunung Taman Nasional Gede hanya 100 km dari Jakarta, orang menemukan edelweiss, yang akan lebih mengingatkan anda berada di  negara Swiss.

Satwa liar di Indonesia bervariasi dari rusa Jawa (atau kancil) dan badak bercula satu di Sumatera dan Kalimantan Orang Utan, di Sulawesi anoa (kerbau kecil), kadal raksasa prasejarah Komodo hingga burung surga cendrawasih di Papua. Bagaimana dengan floranya? di Indonesia, Anda dapat menemukan Raflesia Arnoldi di Bengkulu, salah satu bunga raksasa dan unik di dunia. Untuk melestarikan flora dan fauna ini Indonesia telah menyisihkan 44 taman nasional di seluruh nusantara, yang meliputi darat dan laut, sejumlah besar cadangan dilindungi menawarkan peluang ekowisata, serta kebun raya dan kebun binatang yang unik.